水路とはもともと農業用水を確保するために農地内に張り巡らされた公的な水の流れのことをいいますが、
農地が宅地に転用される勢いのまま水路にふたをされると宅地と一体となった利用されてしまいます。
大きい工場や商業施設の駐車場などの用地として利用されるなど、更地状態で建物が載っていない状態であれば、自社で利用するなどは問題がないのですが、
コンビニや店舗など、土地と建物を一体として第三者に賃貸する場合には、水路の敷地（水路敷）を勝手に賃貸することはできません。
あくまでも市や町などの地方公共団体に属する財産を無断で第三者に賃貸することはできないからです。
また、水路の上に建物を建築することもできません。更地であれば水路のうえを利用していないと言い切れますが、民間所有の建物が載ってしまうと借地していることになり、行政等と借地契約が必要となるからです。
「勝手に賃貸」「建物を敷設」している場合に行うべき是正措置は下記になります。
・行政から賃借してもよいという承諾をもらう（建物敷設の場合にはその旨も）
・行政所有の水路を、公共の道路に添うように民間の土地と交換して移設させる
いずれの場合も簡単にできるものではなく、行政における、土木事務所、河川事務所、水利組合等と協議をしてその可否を協議する必要があります。
水路とはもともとそれだけ農業において重要な施設であったために簡単に廃止したり民間で取り込んだりできるものではないことを知っておく必要があります。
